FK „Panevėžys“ įkurtas 2015 m. vasario 18 d. Tais pačiais metais klubas įgijo teisę dalyvauti LFF Pirmosios lygos varžybose. Po trejų metų komanda tapo Pirmosios lygos nugalėtojais ir įgijo teisę dalyvauti sekančio sezono A lygos pirmenybėse. 

FK „Panevėžys“ tapo VŠĮ Futbolo akademijos „Panevėžys“ dalininku. Tų pačių metų pradžioje klubas sėkmingai licencijavosi A lygos pirmenybėms.

2020 m. čempionatas buvo sudėtingas ir dėl pandemijos, ir žaidybine prasme, tačiau vis tiek pavyko užimti 5 vietą Lietuvos čempionate. Ypač įsimintina 2020 m. pabaiga, kuomet spalio mėn. įvyko LFF taurės turnyro finalas. Jame po baudinių serijos nugalėta FK „Sūduva“ ir pirmą kartą klubo istorijoje iškovotas trofėjus. Šis trofėjus suteikė teisę komandai dalyvauti Europos turnyre. 

Pirmoje lygoje 2021 metais gerai pasirodė ir FK „Panevėžys“ B komanda. Jie užėmė 4 vietą lygoje. Tai geriausias rezultatas tarp dublerinių komandų.

2021 m. balandžio 3 d. įvyko LFF Supertaurės finalas tarp praėjusio sezono čempiono Vilniaus „Žalgirio“ ir LFF taurės laimėtojo FK „Panevėžys“. Po baudinių serijos taurės laimėtoja tapo Panevėžio miesto komanda.

KLUBO DIREKTORIUS: Bronius Vaitiekūnas