FK „Panevėžys“ įkurtas 2015 m. vasario 18 d. Tais pačiais metais klubas įgijo teisę dalyvauti LFF Pirmos lygos varžybose. Po trejų metų komanda tapo Pirmos lygos nugalėtoja ir įgijo teisę dalyvauti kito sezono A lygos pirmenybėse. 

FK „Panevėžys“ tapo VŠĮ Futbolo akademijos „Panevėžys“ dalininku. Tų pačių metų pradžioje klubas sėkmingai licencijavosi A lygos pirmenybėms.

2020 m. čempionatas buvo sudėtingas ir dėl pandemijos, ir žaidybine prasme, tačiau vis tiek pavyko užimti 5 vietą A lygoje. Ypač įsimintina 2020 m. pabaiga, kuomet spalio mėn. įvyko LFF taurės turnyro finalas. Jame po baudinių serijos nugalėta Marijampolės „Sūduva“ ir pirmą kartą klubo istorijoje iškovotas trofėjus. Šis titulas suteikė teisę komandai dalyvauti Europos turnyre. 

Pirmoje lygoje 2021 metais gerai pasirodė ir „Panevėžio B“ komanda. Ji užėmė 4 vietą lygoje, o tai geriausias rezultatas tarp dublerinių komandų.

2021 m. balandžio 3 d. įvyko LFF Supertaurės finalas tarp praėjusio sezono čempiono Vilniaus „Žalgirio“ ir LFF taurės laimėtojo FK „Panevėžys“. Po baudinių serijos taurės laimėtoja tapo Panevėžio miesto komanda.

KLUBO DIREKTORIUS: Bronius Vaitiekūnas